A obra se articula a partir de alguns
fatos: a devoção e fidelidade de Peri, índio goicatá, a Cecília; o amor de
Isabel por Álvaro, e o amor deste por Cecília; a morte acidental de uma índia
aimoré por D. Diogo e a conseqüente revolta e ataque dos aimorés, tudo isso
ocorrendo com uma rebelião dos homens de D. Antônio, liderados pelo ex-frei
Loredano, homem ambicioso e mal-caráter, que deseja saquear a casa e raptar
Cecília.
No
início do século XVII, um dos fundadores do Rio de Janeiro, o fidalgo português
D. Antônio de Mariz, em protesto contra a dominação espanhola (1580-1640),
estabelece-se em plena floresta, construindo um verdadeiro solar medieval junto
a um rochedo inexpugnável. Vive com sua mulher, o filho, D. Diogo, a filha,
Cecília e uma mestiça, Isabel, apresentada como sobrinha, mas que na realidade
é sua filha natural. Junto à casa dos Mariz, vive um bando de mais ou menos
quarenta aventureiros. Estes homens entram no sertão, fazendo o contrabando de
ouro e pedras preciosas e deixando um percentual para D. Antônio.
Logo
em seguida à chegada da nobre família portuguesa, um jovem e hercúleo cacique,
Peri, salva Cecília de enorme pedra prestes a desabar sobre ela. Ao receber o
agradecimento dos brancos pelo gesto, (exceto da mulher de D. Antônio, que
abomina índios), Peri abandona sua tribo e passa a viver junto a eles, numa
pequena choupana. Desta maneira, o indígena confirma uma visão que tivera com
Nossa Senhora, a qual lhe ordenara que a servisse. E Cecília (a quem Peri chama
de Ceci) tinha as mesmas feições da Virgem Maria. Era a ela, portanto, que o
índio devia obediência e proteção.
Em
princípio, Ceci manifesta um pouco de medo e repugnância pelo guarani. Este,
entre outras façanhas, captura uma onça viva para mostrá-la a sua Iara
(senhora). Também desce ao fundo de um penhasco, tomado por répteis e
cascavéis, para apanhar um estojo com uma jóia da heroína. Apoiada pelo pai,
que percebera a nobreza do índio ("É um cavalheiro europeu no corpo de um
selvagem"), a jovem começa a simpatizar com seu estranho protetor.
Entre
os aventureiros que vivem sob a égide dos Mariz, dois merecem destaque. Álvaro
de Sá, rapaz de impulsos nobres e gestos superiores e que ama respeitosamente
Ceci, embora, por seu turno, seja amado por Isabel. E o antigo frade carmelita,
Angelo di Lucca - hoje Loredano - que abandonara o hábito depois de se apossar
de um mapa de riquíssimas minas de prata, pertencente a um moribundo. Homem
cruel e decidido, quer, antes de alcançar as hipotéticas minas, possuir Ceci,
pela qual professa um desejo animalesco.
Simultaneamente,
por um terrível equívoco (que aliás não lhe causa nenhum trauma), D. Diogo, o
filho de D. Antônio, mata a filha do cacique dos aimorés, pensando se tratar de
um animal. Os aimorés ("povo sem pátria e sem religião") querem
vingança, exigindo em troca a vida da doce Ceci. Desejada impuramente por
Loredano e perseguida pelos ferozes aimorés, quem poderia salvá-la de tantas
adversidades?
Peri
revela então a extensão de sua
fidelidade aos portugueses. À medida em que centenas de aimorés iniciam o cerco
final ao casarão, o herói - desobedecendo a sua "senhora" - parte
para o acampamento dos inimigos e após derrubar vários deles, é preso e levado
para o ritual antropofágico. Na hora da cerimônia, ingere poderosa dose de
curare, um veneno terrível. Assim, quando os selvagens o devorassem, morreriam
todos. Desta forma, Peri propõe o genocídio dos índios para que os brancos
continuassem a viver livremente.
No
entanto, quando o veneno já corrói as entranhas do bravo guerreiro, Álvaro de
Sá irrompe de surpresa no acampamento, com alguns amigos, e o resgata. Peri
volta para Ceci mais morto do que vivo, mas a heroína do romance (já se sentido
afetivamente ligada ao índio) exige que ele tente se salvar. Cambaleante, Peri
vaga pela floresta até encontrar o antídoto para o curare.
Quanto
ao pérfido ex-padre, Loredano, acaba sendo desmascarado pelo herói, do mesmo
modo que os seus principais asseclas. No final da narrativa, por causa de seus
crimes e de sua monstruosidade moral, arderá em uma fogueira.
O
cerco dos aimorés torna-se cada vez mais terrível. Álvaro morre ao buscar
víveres na floresta, confessando antes à Isabel que lhe retribuía a paixão.
Peri consegue recuperar o corpo do rapaz. Desesperada, Isabel pede que o índio
o deposite em seu quarto. Depois, fecha todas as frestas do quarto e asfixia-se
com a fumaça de resinas aromáticas, morrendo por amor, na cena mais bela do
romance.
Durante o ataque, D. Antônio, ao
perceber que não havia mais condições de resistir, incumbe Peri à salvar
Cecília, após tê-lo batizado como cristão. Os dois partem, com Ceci adormecida
e Peri vê, ao longe, a casa explodir. A Cecília só resta Peri.
Durante dias Peri e Cecília rumam para
destino desconhecido e são surpreendidos por uma forte tempestade, que se
transforma em dilúvio. Abrigados no topo de uma palmeira, Cecília espera a
morte chegar, mas Peri conta uma lenda indígena segundo qual Tamandaré e sua
esposa se salvaram de um dilúvio abrigando-se na copa de uma palmeira
desprendida da terra e alimentando-se de seus frutos. Ao término da enchente,
Tamandaré e sua esposa descem e povoam a Terra.
As águas sobem, Cecília se desespera. A
lenda de Tamandaré se repete e Peri com uma grande força arranca a palmeira e
faz dela uma canoa para poderem continuar pelo rio, dando início à população
brasileira.